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傳統上棉籽油用在食品（如薯片），為 Crisco 起酥油的主要原料。但由於棉籽油比橄欖油或芥花籽油顯著便宜（每公斤低於 25 元新台幣），而開始廣泛使用在糧食、麵包、零食等方面的加工食品上。

整合醫學博士安德魯·威爾 Andrew Weil 在他的熱門網站上指出，「視棉籽油為不健康的產品，因為它有過高的飽和脂肪酸而不飽和脂肪酸太低」。並且陳述「甚且，棉籽油可能會含有天然毒素，可能有農藥殘留（棉不列為糧食作物，農民在生長過程中使用了很多農藥）」，這種說法也已被其他網站重申。

聲稱棉籽未規範為糧食作物並不正確。在美國，美國聯邦法規（CFR）列棉籽為其他糧食作物，訂有最高農藥殘留量的標準。此外，天然毒素「棉酚」會在提煉過程中除去，聯合國糧農組織（FAO）的紀錄棉籽油未有明顯的「棉酚」殘留。

棉籽油為美國消費量第三大的食用油。

棉酚具生殖毒性，導致男性睪丸萎縮、精蟲數量及活動力減少；女性經期混亂、子宮縮小、卵巢萎縮。雖然現在的油脂純化技術可去除大部分的棉酚，但多少還會殘留。

精煉後的棉籽油，「棉酚」含量為 0.1-0.2%。在 1970、80 年代，中國大陸、非洲、巴西等國，曾用「棉酚」作為男性避孕藥，但到了 1998 年世界衛生組織認為「棉酚」用於男性避孕會造成不可逆現象，就算停用也無法回復精蟲數量，因此禁用「棉酚」。