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中醫兒科早在隋唐時期太醫署即設立「少小科」，將其獨立分科顯示小兒有其生理、病理特點，生長發育及病情反應均與成人有別，不能僅僅認為小兒是成人的縮影。由於小兒對臨床病症表達的侷限，因此小兒科又被稱為「啞科」，愈加凸顯兒科獨立分科的重要性。

自1980年本院創立初始即設立中醫兒科，歷經王人澍、蔡順輝、黃秋勇、張東廸、顏宏融等歷任主任，與賴琬郁現任主任的努力下，秉持傳承傳統中醫、並結合現代醫學，造福兒童的理念，提供兒童優質中醫照護服務，為了提供兒童更好的治療環境，於2016年7月成立「中醫兒童優質照護門診」，讓兒童除了口服中藥外，還能接受小兒推拿、雷射針灸、中藥穴位敷貼、氣霧吸入等多元化治療。在病房會診方面，本科著重於兒童癌症與急重症患童之調理，協助患童改善機體狀況，緩解化放療副作用，鞏固療效並提升生活品質。

本科重點發展疾病，包含:兒童過敏性疾病、兒童生長發育、兒童癌症、兒童神經系統相關疾病…等，開設兒童過敏、兒童生長發育、兒童妥瑞氏症、兒童腦性麻痺中西醫聯合門診，整合中西醫，提供患童全方位的照護。其中兒童生長發育中西醫聯合門診更獲得SNQ國家品質標章認證。除了提供卓越臨床照護外，積極舉辦社區與校園衛教講座，運用中醫理論教導家長與兒童保健養生之道。

本院中醫兒科將持續致力於臨床醫學的提升及教學傳承，並藉由與國內外醫院的交流與學術研討，與培訓兼具中西醫臨床知識之醫師，期許中國醫藥大學附設醫院中醫兒科成為世界級中醫兒科臨床及學術重鎮。