臨床上,腦炎大致可區分為病毒性腦炎、細菌性腦炎、自體免疫性腦炎及原因不明的腦炎。透過腰椎穿刺腦脊髓液、病毒/細菌抗體及培養檢查,可以先找出病毒性腦炎及細菌性腦炎(約占1/3),給予抗病毒藥物或抗生素治療。